Die kroatische Fischerei wurde zum ersten Mal im Jahr 995 in einer Schenkungsurkunde erwähnt, in der der Adel von Zadar zur Zeit des Priors Madi (986–999) dem Benediktinerkloster St. Krsevan in Zadar eine Fischereistelle nahe der Insel Molat und der Bucht Telašćica auf der Insel Dugi otok schenkte. Während der Herrschaft der kroatischen nationalen Machthaber blühte die Fischerei in Kroatien. Aus dieser Zeit stammen die Regeln über die gegenseitigen Beziehungen beim Fischfang und Jagdzeit, die von einer Gruppe zusammengeschlossener Fischer mit kroatischen Namen aufgestellt wurden.

Nach dem Zerfall des kroatischen Königreichs mit der Ankunft von Arpadović (1102) starb die kroatische Fischerei in den nächsten drei Jahrhunderten fast aus. Ursache hierfür war einerseits die kontinentale Mentalität der Herrscher, die die Bedeutung des Meeres und seiner Reichtümer für das Leben der Menschen an der Küste und auf den Inseln nie verstanden hatten, und andererseits die Politik der Kontinentalmacht, die keinen Unmut gegenüber Venedig hegte, deren Flotte zu dieser Zeit die Adria beherrschte. Die Tragödie der kroatischen Fischerei in der Adria begann nach 1409 mit dem Verkauf Dalmatiens an Venedig. Aus ihrem natürlichen Hinterland gerissen, entwickelten sich die dalmatinischen Städte zurück, und Kroatien verlor seine maritimen, staatlichen und wirtschaftlichen Merkmale.

Weder die erste (1797–1805) noch die zweite (1815–1918) österreichische Verwaltung Dalmatiens verbesserte die Bedingungen in der kroatischen Fischerei. Es verhinderte vor allem die Organisation des Fischfangs sowie die Regulierung des Fischfangs und erklärte das Meer für alle und jeden frei, was den italienischen Fischern zugute kam und den kroatischen Interessen schadete. Die französische Herrschaft in Dalmatien war zu kurz, als dass die eingeleiteten Reformen in der Fischerei erfolgreich gewesen wären. Für das erste und zweite Jugoslawien von 1918 bis 1990 änderte sich die Situation nicht wesentlich, und die Verlegung des kroatischen Fischereimeeres an Italien setzte sich fort, was durch das italienisch-jugoslawische Abkommen (1948) bestätigt wurde, und das den italienischen Fischern zugute kam und der kroatischen Fischerei und der wirtschaftlichen Existenz schadete.

Der Einsatz von Licht beim Fang auf kleine Blaufische wird zusammen mit der Verwendung von Schleppnetzen in der Adria im Dubrovniker Statut aus dem Jahr 1272 erwähnt. Der Sardinenfang an der Ostküste der Adria entwickelte sich stark im 16. Jahrhundert durch den Einsatz von Schleppnetzen und Beleuchtung sowie Stellnetzen. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts fingen Fischer an von den zu Šibenik gehörenden Inseln Sardinen zu fangen und exportierten sie gesalzen an die Westküste der Adria. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts entwickelte sich rund um die Inseln Cres und Lošinj eine große industrielle Fischerei von Sardinen. Der wichtigste Ort in der istrischen Fischerei gehört den Einwohnern von Rovinj, deren Fischereiwirtschaft sich im 18. Jahrhundert stark entwickelte und die wichtigste materielle Grundlage für den Fortschritt der Bevölkerung von Rovinj bildete. Die ältesten Aufzeichnungen (1331) über den adriatischen Thunfischfang stammen aus Pula. Der Einsatz von Tunuren im kroatischen Küstengebiet intensivierte sich insbesondere ab der Mitte des 15. Jahrhunderts. Mehrere feststehnde Tunuren in der Bucht von Bakar, im Vinodol-Kanal und auf der Insel Krk befanden sich im Besitz der Zrinskis und Frankopanen, während es bewegliche Tunuren im Hafen von Šibenik und im Ston-Kanal gab.

Zahlreiche innovative Beiträge kroatischer Fischer und Fischzüchter zur Fischereipraxis in der Welt sind von Bedeutung. Erfindungen wie die mechanische Riemenscheibe von Puretić revolutionierten den Thunfischfang und allgemeinen den Blaufischfang auf der Welt. Kroatien gilt in jüngster Zeit als einer der Pioniere in der Marikultur, insbesondere bei der kontrollierten Käfigzucht von Wolfsbarsch und Goldbrasse, sowie bei neuen Zuchtlösungen, wie der Zucht von Jungthunfischen in Käfigen.